国内父子亲子鉴定是指在一定程序控制下，通过DNA技术，以及其它遗传物质技术，利用父子之间独特且具有比较稳定的遗传物质——核苷酸序列，以及体液中的血清蛋白和其他生物分子的方法，开展的数据分析，从而确认其亲缘关系的技术综合过程。目前国内存在的父子亲子鉴定包括：有网络家校生物亲子鉴定、公证法庭指定的亲子鉴定、检察院指定的亲子鉴定，以及私人检测机构提供的亲子鉴定等。
其中网络家校生物亲子鉴定是对正常生物样本进行父子亲子鉴定鉴定，样本要求只需要提供受鉴定者与父亲之间的血清和其它遗传物质，通过大数据进行分析，以浓缩液的方式或唾液的方式进行采集，提供的样本即是受鉴定者的母亲的物质，再进行DNA鉴定，以证明其亲缘关系。
另外，公证行政机关指定的亲子鉴定，是受鉴定者、鉴定请求人以及鉴定样本模仿者，不需要提交任何生物样本，只需提供个人身份信息，即可由公证行政机关指定第三方检测机构，进行开展父子亲子鉴定。
此外，还有特殊样本父子亲子鉴定，即对于无血缘属确认的样本，将受鉴定者拥有的遗传芯片或TN值等作为基因数据，结合父亲的DNA的检测，以及母亲的遗传芯片后判定，用于确认儿童或未成年人
国内父子亲子鉴定一般有志愿者父子鉴定和司法鉴定两种。志愿者父子鉴定属于集体学术研究，结果的准确性被公众所接受。司法鉴定是依据司法法规所做的，其结论有司法效力。
志愿者父子鉴定一般分为比对型鉴定和基因图谱型鉴定两种。比对型鉴定主要围绕遗传物质比对，以父子两人的DNA、表观遗传物质、表型特征等进行比对，从统计学角度来分析父子亲缘关系；基因图谱型鉴定主要以家族广泛存在的独有染色体进行比对，通常要求志愿者父子有血缘关系的几代人一起进行检测，以准确的鉴定。
此外，还有一些特殊的样本，如超短周期第三代及更长父亲父系鉴定、超短周期测试、全基因组测序、超级芯片分析，如采用的单碱基多态性（SNP）分析、变异比对和存储元件，可以更准确、精细、定量而无需提供大量血样的父子关系鉴定。
国内具备司法资质的机构可开展父子亲子鉴定，这类机构需通过司法行政部门审批，拥有法医物证司法鉴定资质，鉴定结果具备司法效力，可用于上户口、打官司等场景；同时也有仅提供个人隐私亲子鉴定服务的机构，这类鉴定结果仅用于个人参考，不具备司法效力。用户选择时，需留意机构的资质合规性。
亲子鉴定的特殊样本指常规血液、血痕、口腔拭子之外的样本，适合无法提供常规样本的情况。常见的父子亲子鉴定特殊样本包括：带毛囊的毛发，需拔下带有完整白色毛囊的头发，避免触碰毛囊部位；指甲，需剪取靠近指尖、带有甲床的部分，避免剪取过短；牙刷，需是被鉴定人连续使用15天以上且未被他人使用过的；口香糖，需是被鉴定人咀嚼10分钟以上的，且避免接触外部污染；烟蒂，需是被鉴定人抽过的，烟蒂上要带有明显的唾液痕迹，一般需提供3-5枚。不同特殊样本的DNA提取难度不同，鉴定机构会根据样本情况调整检测流程。
