胎儿亲子鉴定属于司法鉴定范畴，需在具备《司法鉴定许可证》且许可项目包含法医物证鉴定的正规机构进行，一般来说，这类机构可以是经司法行政部门审批成立的第三方司法鉴定机构，也可以是部分有司法鉴定资质的医疗机构下属的鉴定部门。
需要注意的是，并非所有医疗机构都能开展该业务，只有同时具备司法鉴定资质的机构才合法合规。在选择时，可通过当地司法行政部门的官方渠道查询具备资质的机构名录，核实机构的许可证是否在有效期内、鉴定项目是否明确包含相关内容。
此外，胎儿亲子鉴定有不同的采样方式，不同机构能开展的具体类型可能存在差异，且该鉴定对采样环境、技术操作有严格要求，必须在专业指导下完成采样或由专业人员采样，以确保结果的准确性和合法性。
可以进行胎儿亲子鉴定的地方有医院、婴儿护理中心等，一般地区要求实行责令改正或撤销、暂扣学籍、就读许可、受聘通知书的，须经责任单位做过集体讨论后才能作出决定。
在全国大部分地区均有设立的胎儿亲子鉴定机构，有的由医学院、医疗卫生机构、研究机构主办，有的是由政府与投资机构和民间机构合办的专业机构，有的则是政府有关部门组织的亲子鉴定中心，也有的是市场上特许发起、经营的社会性机构。有些医院可以提供DNA分析鉴定，有些机构则采用抽血做胎儿亲子鉴定，还有机构采取单（双）亲亲子检测，能满足不同用户的需要。
常见的胎儿亲子鉴定机构可以列举几家，比如深圳中生辉昌技术产品有限公司、上海大众检验技术有限公司、浙江凯群生物技术有限公司、半岛诊断中心、中关村医药米拓医学研究所、广东南方基因检测技术中心、北京联合基因和精准医疗技术中心、台州市鑫奥检测中心、江西和安华岭科技有限公司以及新疆爱尔声科技有限公司等。
