有权做司法亲子鉴定的机构一般是社会保障部或卫生部门认可的社区卫生服务中心或三级医院的临床病理科、家庭咨询科等科室，以及司法鉴定机构或法医鉴定机构。而各地的医院做司法亲子鉴定的依据有不同的条件，一般来说低三级的医院 做司法亲子鉴定的条件最低，如二级医院、社区卫生服务中心都具备一定的条件。如果在一级医院做司法亲子鉴定，则认定流程花费时间也会更久，而在三级医院或中级医院、社区卫生服务中心可以节约很多时间。因此，要做司法亲子鉴定，最好到有特许权的医院和司法法医鉴定机构进行，能够有效提高证实度，确保案件的正确性。
并非所有医院都可以进行司法亲子鉴定。司法亲子鉴定不同于普通的个人隐私亲子鉴定，其鉴定报告在法律上具有效力，常用于落户、移民、诉讼等场景。因此，国家对开展此项业务的机构有严格的准入制度。只有持有省级司法行政机关颁发的《司法鉴定许可证》，且其核准的业务范围中必须包含“法医物证司法鉴定”的机构，才具备合法的开展资质。
普通医院通常无法办理此类业务。绝大多数公立医院和私立医院的主要职能是临床医疗、疾病诊断与治疗，并不具备司法鉴定资质。虽然极少数大型医院内部设有法医鉴定中心，但这属于独立于临床医疗之外的特定部门。因此，公众不能随意前往一家医院要求进行司法亲子鉴定，必须寻找具备特定司法鉴定资质的第三方专业机构。
如何寻找正规机构：建议通过当地司法局官方网站查询“国家司法鉴定人和司法鉴定机构名册”，以此核实机构的合法性和业务范围。正规的司法亲子鉴定程序严格，要求所有被鉴定人携带有效身份证件亲自到场，由专业人员现场采样、拍照并录入指纹，确保鉴定结果的真实性与法律效力。
