同卵双胎亲子鉴定受许多因素的影响，其中最重要的因素包括的是家庭的胎儿的DNA 样本，母体的血液样本，父亲的血液样本，由婴儿提供的样本，以及母亲的有关信息。
要进行同卵双胎亲子鉴定，必须提供母亲的当前体检报告和血液报告，父亲的血液报告，以及至少一个宝宝的血液样本，这些血液样本是为了评估家庭中宝宝的个体DNA 属性，以确定是否是同卵双胎。对于这些报告，由医生收集完整的基本家庭成员信息，一般情况下收集的信息包括年龄、身份证号码、性别和由特定病毒感染而引起的症状等。
接下来，根据家庭成员的DNA 分子进行比较。在抗体检测阶段，血液样本被检测出母体的血清，母亲的此抗体会传递给宝宝，所以父母血清检测会影响宝宝的最终结果。接着，家庭的宝宝的血液样本和母亲的样本进行比较，以检测DNA 的变异，即一致性分析。最后，根据一致性分析的结果，正确识别出家庭成员中的同卵双胞胎，以及其他的宝宝。
影响同卵双胎亲子鉴定的核心因素在于检测技术的精度。由于同卵双胞胎共享几乎完全相同的DNA序列，常规的STR检测方法往往无法区分，必须采用全基因组测序或高深度测序技术来识别微小的体细胞基因突变。这些突变在双胞胎发育分化过程中产生，数量极少，因此对实验室的设备和数据分析能力有极高要求。若技术手段不够先进，可能导致无法分辨。
在材料准备方面，主要取决于鉴定的委托目的。如果是具有法律效力的司法鉴定，必须提供所有被鉴定人的有效身份证件（如身份证、户口本）、出生证明或能证明双胞胎关系的文件，并需本人到场现场采样。如果是个人了解情况的隐私鉴定，则无需提供身份信息，可以匿名进行。检材方面，通常需要采集高质量的生物样本，如血液、血痕、口腔拭子、带有毛囊的毛发等，确保样本未被污染且含有足量的DNA信息。
