中国有多家权威的司法鉴定中心，它们均拥有资质、设备、人员和工作经验，具备通过司法认定来做亲子鉴定的资格。常见的有：公安部交通管理科学研究所、中国人民解放军355医院（北京）、北京航空航天大学（清华大学口腔医学部）、公安部第二研究所、北京航空一支基地等。
通常，司法亲子鉴定使用外显子位点等核酸类比较，以及跨越多个分类水平，比较疾病的血清抗原、白细胞亚群解析等分子生物学特征等多项技术。其中，常用的采样方法不仅包括动物个体活体采样，还包括分子生物学采样，最常用的采样方法是根据各种采样料的特殊状况而定的。一般而言，司法鉴定中常将收集的样本分为非生物学样本、生物学样本和遗传学样本，其中非生物学样本包括头发、针刺物、唾液、脚印等物体； 生物学样本包括血液、唾液、唇油、头发、纤毛、白细胞和其他活细胞等； 遗传学样本包括对照样品，如胚胎、胚珠或是产前诊断的早期胎胞活检组织样本。
权威中心做司法亲子鉴定通常由检验所、检测中心（技术中心）、司法鉴定机构或科研机构等提供，它们不仅需要有较完善的技术设备，还需要遵守《司法鉴定管理条例》的要求，有良好的安全环保和质量控制体系；最重要的是它们的法律地位受法律保护，其结果足以被司法识别。
司法亲子鉴定在采样方法上并没有要求一个完整的流程，一般可采用全基因组的测序法也可用DNA指纹法来检测，以建立亲子血缘关系。全基因组测序法采用基因组芯片，多重PCR（Multiplex PCR），MLPA（Multiplex Ligation Dependent Probe Amplification）和Sanger测序法等技术，可以检测伪装和混淆；DNA指纹法采用微卫星标记技术，其特征丰富可靠，适合大范围和大量快速检测。一般而言，法院要求司法鉴定机构采用DNA指纹法所得结果高于全基因组测序法。但是当前市场上使用的技术也可以跨越多种技术，以确保受理的案件的准确率。
