司法亲子鉴定是指通过科学和遗传技术，根据亲子序列鉴定，记录父母及孩子的基因序列，以确定他们之间的亲子关系的行为。由于司法部门的要求，亲子鉴定一般都要求提供一个证据样本和被测样本。
证据样本来自被测权利人或对象，用于证明提出的科学猜测是否符合可信的证据依据，这些证明样本通常包括父母双方的活检样本，例如牙棱等。被测样本来自孩子，并通常包括头顶胎盘、口腔活检样本和其他活体组织样本，以及由证据样本相同者当作一组比较。
通过司法亲子鉴定过程完成之后，将会收集所有做过实验的样本，并将其储存在一定的安全位置处，以备将来提出审查要求交由权威机构审查。因此，在司法亲子鉴定中，都要求提供证据样本和被测样本，以确认他们之间的亲子关系。
司法亲子鉴定是利用遗传特征进行分析，鉴定出亲缘关系，是亲子认定案件中科学实践重要依据之一。具体而言，司法亲子鉴定所需要的样本，是抽取申请人（称为“被鉴定人”）和被申请人（或称“被认）们及其亲属（代受检者）的生物样本，以及与被鉴定人或被认人有关的某个遗传特征分子，最常用的是DNA、普氏豆、血型、KIR和脂质的分子标识特征。
生物样本的采集有一定的规范，比如司法亲子鉴定要求用双棘采样针在上臂围或用棉签涂抹拇指及食指指甲盖或棉签涂抹拇趾甲盖等采集；DNA分析要求用棒状电极采集口腔黏膜细胞制成牙膜；染色体学分析则要求用绒毛笔采集头发根部的细胞样本，以保证采集的样本是非细胞性的干细胞，并且与其可能的亲属比较时也有采集标准。
最后，评估一个司法亲子鉴定的报告的可靠性，一般要求遵守的样本采集的质量控制，要保护客观性和可靠性，比如：需要使用标准的采样工具和采样方案，采样过程要记录完整，样本要充分消毒，要有职业技能、经验训练，采样结果由资格审核及签字确认，同时也会对采样过程中的环境做出良好的控制，以保证样本的可靠性和客观性。
