做父子亲子鉴定最好是在省级以上专业机构或科学实验室，这里有具有良好信誉的合格的技术鉴定人员，且拥有完备的实验设备、良好的使用环境和安全的操作程序。常用的技术有：先天性抗凝血因子鉴定、月经周期鉴定、血分型鉴定等。先天性抗凝血因子鉴定是一种利用先天性抗凝血因子数值在父子之间的分布特征，来确定父子之间亲缘关系的技术。月经周期鉴定方法依据的是女性的月经周期，通过比较父子之间的月经周期，来实现父子亲子关系的鉴定。血分型鉴定是根据血液组织反应，在父子之间的血液分型的特异性，来实现父子亲子关系的鉴定。此外，基因组学技术依据的是按照熔解酶链反应，将DNA分子检测分解后，从它们的特性中分析，来获得父子亲子关系的技术。因此，专业机构及实验室拥有完善的设备、配套的技术、优质的服务，是做父子亲子鉴定的最佳地方。
父子亲子鉴定通常在具备法医物证鉴定资质的司法鉴定机构进行。这类机构需通过司法行政部门审批，取得《司法鉴定许可证》，其出具的鉴定报告具有法律效力。部分大型医院设立的司法鉴定中心或独立第三方医学检验实验室也提供此项服务。选择时应注意核实机构资质，确保其检测流程符合国家标准。
目前主流技术为STR分型检测法，通过分析短串联重复序列的遗传特征进行判定。该技术检测21个以上基因位点，准确率可达99.99%以上。对于特殊需求，可采用Y染色体检测（适用于父系血缘追溯）或SNP单核苷酸多态性检测（适用于复杂亲缘关系分析）。
样本采集方式包括血液、口腔拭子、带毛囊毛发等，无创产前鉴定可通过孕妇静脉血提取胎儿游离DNA。司法用途需现场采样并核验身份，个人知情同意下的隐私鉴定可自行采集样本后送检。整个过程通常需要5-7个工作日出具报告。
需要注意的是，司法鉴定意见书可用于户籍申报、移民公证等法律程序，而个人鉴定结果仅供个人参考。无论何种用途，都应确保样本来源真实、检测流程规范，并严格保护个人隐私信息。
