司法亲子鉴定是指司法部门授权，由专业科学人员进行某一特定人群中成年人和未成年人之间亲子关系的技术性鉴定，其目的是准确、科学地证明亲子关系，以提供司法机关作出判决的法律依据。
当事人认定的亲子关系无法举证，而影响司法判决的情形下，应当把司法亲子鉴定作为行政程序或司法程序，把检验该关系的问题留给司法机关作出决定，授权从事鉴定的机关需由司法机关当事人或者利益相关当事人提供所需的司法亲子鉴定资料，包括提供亲子人群的基因信息，以及司法问卷调查材料等，按照司法鉴定标准运用专业实验手段进行评估，最终定性得出鉴定结论。
司法亲子鉴定是由司法部门指定的专业机构提供的对子女血缘关系的服务，主要是要查明一个孩子是否真正属于某一个家庭。司法亲子鉴定是通过一系列科学技术，包括遗传学技术、分子生物学技术和生物信息学技术，来精准检测生物样本的亲子关系，从而为司法机关的审判决策提供独立、客观的可靠依据。
司法亲子鉴定的一般场景有以下几种：
一是家庭纠纷类案件，如父母与子女继承纠纷、替代抚养人身份认定纠纷等。二是婚姻家庭类案件涉及到子女身份认定，比如领养关系认定以及婚外子女身份认定等案件；三是孤儿领养案件，具体包括虚构收养或非法收养等情况；四是遗产继承案件，需要证明其所谓的亲属关系；五是移民案件，当涉及子女的移民，需要证明子女和父母之间的关系；六是生育供养证明的认定，比如政府给予生殖技术所产生的子女的供养证明；七是证明未婚母子血缘关系，当非婚生子女诉求取得身份认定或享受政策服务时，需要进行司法亲子鉴定；八是离婚案件，即确定父母是否存在血缘关系以鉴定子女同属父亲；九是捐献器官案件，鉴定该器官是否由某一实体捐献。
要做司法亲子鉴定，需要到指定的机构收集被鉴定人和亲子的DNA样本。目前，全国各地大多数司法亲子鉴定服务都属于所谓的社会服务性鉴定，归属于司法鉴定机构，有相应的专业设备和技术人员，对提供给司法机关的亲子鉴定报告有准确性、可靠性、有效性的要求。司法亲子鉴定服务不限于司法机关，也可以提供给社会各界。
一般来说，司法亲子鉴定可以在全国各地设有司法鉴定机构的地方进行，比如医院、社会服务机构、司法鉴定机构等。需要鉴定的人，需要携带一些身份证明，如身份证、户口本原件，申请鉴定的函件、司法机关出具的指定函、护照等文件，同时提供血液、唾液和毛发等样本。提供的样本必须经过司法鉴定机构的专业人员分析以及其他检测，以获得准确的结果。司法鉴定机构会按照国家规定的时限给出结果，具有管辖权的司法机关会按照报告的结果判定，形成有法律效力的亲子鉴定结论，对各方当事人有重大意义。
在中国大陆，想要做司法亲子鉴定，一般需要去民政部门或者有特殊权限的法医资质个人或者机构，比如鉴定服务机构、成都法医医学鉴定所等等。对于司法亲子鉴定，相关样本包括父母及被鉴定者的排卵进行全套测序（WES），父母及被鉴定者的唇腭液或者免疫印迹膜（IFE）测序，父母和被鉴定者的细胞核DNA测序（CNV），父母和被鉴定者的微卫星（STR）测序，以及父母和被鉴定者的蛋白质鉴定，MRI及CT等鉴定的原始样本，以及其他临床及实验室检验项目提供的数据。在测序原始样本上，实验室会将相关样本结果数据进行分析、归类处理，在汇总数据上进行总结，最终判断亲子存在或不存在关系。
